تخضع الإنجازات التي تصل إلى أمانة جائزة المصطفى(ص) للتقييم والتحكيم على مرحلتين.
في المرحلة الأولى، تقوم لجان التحكيم الأولية بدراسة ثبوتيات ومؤهلات الإنجازات من حيث الخصائص العامة ونقل الإنجازات المؤهلة إلى المرحلة التالية من التحكيم. ووفقاً للمعايير، فإن الإنجازات التي حصلت بالفعل على جائزة علمية مرموقة واحدة على الأقل على المستوى العالمي لن تكون مؤهلة لدخول المرحلة التالية. كما أنه لا تقبل في هذه المرحلة الإنجازات التي تم تقديمها شخصياً وخارج المسار الصحيح للترشيح من قبل المؤسسات المرشِّحة.
في المرحلة النهائية وفي كل من مجالات الجائزة تقوم مجموعة تحكيم مكونة من سبعة أعضاء من الباحثين والعلماء البارزين دولياً بتحكيم الإنجازات النهائية، واختيار الإنجاز الفائز.